Taşıma kapasitesinin üstünde aşırı besin elementi girdisi nedeniyle Marmara Denizi'nin ötrofikasyon (büyük su kitlelerinde gerçekleşen alg ve plankton artışı) riski her geçen gün artıyor. Gerekli evsel atık su arıtma tesislerinin hayata geçirilmemesi, atık suların arıtılmadan denize verilmesi, Marmara Denizi'nde su değişim hızının düşük olması ve giderek düşen çözünmüş oksijen miktarı ötrofikasyon seviyesini yükselterek ekolojik kaliteyi de düşürüyor.
Marmara Denizi'ne gerekli arıtım yapılmadan gerçekleştirilen atık su deşarjları da ötrofikasyonun ana nedenlerini oluşturuyor. Ötrofikasyon da Marmara Denizi'nde en dikkati çekici problem olan ve "salya" olarak bilinen müsilaj oluşumlarına neden oluyor.
Marmara Denizi'nde, besin maddesi varlığının aşırı artması ve deniz suyu sıcaklıklarının yüksek seyretmesiyle aşırı çoğalan fitoplankton hücrelerinin ekosistem içinde kullanılmadan parçalanmaları sonucu denizde müsilaj oluşumları artıyor.
